Selamat Datang di MasUn_Bio-PharmaTecholic

Proudly Presented by Mochamad Untung Kurnia Agung

Jumat, 07 Oktober 2011

ARTIFICIAL LIFE : When man made life?

Perkembangan ranah ilmu biologi telah memasuki fase yang sangat jauh di luar ekspektasi manusia sejak beberapa dekade terakhir. Pada akhirnya biologi tidak hanya dipandang sebagai ranah ilmu yang berurusan dengan makhluk hayat (living creatures) dalam konteks dan skala makro. Perkembangan biologi yang begitu pesat di ranah molekuler telah melahirkan tatanan pondasi keilmuan yang merambah ke area unit kehidupan paling dasar di tingkat sel dan perangkatnya.

Prekusor-prekusor dasar kehidupan inilah yang bertahun-tahun menjadi fokus penelitian dan penelusuran para ilmuwan untuk mengungkap rahasia kehidupan. Dan ternyata, biologi bukan hanya sekedar merangkai konsep atom dan interaksinya, namun sudah sampai ke ranah regulasi fungsi prekusor-prekusor tersebut dalam “menjalankan” fungsi-fungsi kehidupan. Benarkah manusia sudah mampu “menciptakan” kehidupan?

Adalah Craig Venter dan Hamilton Smith, dua orang ahli biologi dari Amerika, yang telah berhasil merilis sekuen lengkap dari makhluk hidup (bakteri) pada tahun 1995, dan “menciptakan” (merekayasa) bakteri dengan genome buatan (artificial genome), atau dengan kata lain menciptakan makhluk hidup baru tanpa nenek moyangnya (ancestor).

Kebutuhan akan proses dan produk yang semakin tidak terbatas, menjadikan para ilmuwan bahu membahu menyempurnakan basis rekayasa genetik (DNA recombinant) untuk menciptakan rekombinan-rekombinan baru yang mampu dioptimalkan untuk memenuhi keinginan dan kebutuhan manusia. Era rekombinan ini telah “merangsang” pertumbuhan industri berbasis biologi molekuler (bioteknologi) yang semakin pesat.

Era Bioinformatik

Semakin pesatnya perkembangan database sekuen gen (DNA/RNA/Protein) dari jutaan organisme yang terpublikasi di situs pengumpul database gen (Gene Bank) membuka peluang kolaborasi produktif antara ilmu biologi dan ilmu komputer (computer science). Perbaikan kecepatan analisis, perluasan kapasitas penyimpanan dan penyempurnaan kemudahan akses data telah membuka peluang efisiensi screening gen/genome dari berbagai organisme mulai dari yang terkecil sampai organisme-organisme raksasa yang ada di muka bumi ini, mulai dari organime ekstrim yang ada di puncak tertinggi sampai yang tinggal di relung paling dalam di dasar samudera. Proyek pengungkapan genome total (complete genome) manusia pun telah selesai dikerjakan.

Database sekuen gen (DNA/RNA/Protein) ini merupakan bahan mentah untuk biologi sintetik (Synthetic Biology). Pertama-tama, para peneliti akan mempelajari bagaimana kerja prekusor-prekusor biologi ini di tingkat atom, kemudian ditentukan model konstelasi gen yang paling sesuai dengan yang diinginkan. Namun demikian, konstruksi konstelasi gen hasil perakitan DNA ini belum mampu dikatakan sebagai suatu makhluk hidup (living creatures), ketergantungan regulasi konstruksi gen-gen ini terhadap sel induk (host cell) masih menjadi sebab bahwa seluruh kegiatan rekayasa ini tidak bisa disebut “menciptakan kehidupan” yang sebenarnya. Konstruksi dalam biologi sintetik ini hanyalah upaya untuk efisiensi proses atau produk yang bisa dihasilkan dari mutan melalui regulasi parsial dari sel akibat adanya sisipan konstruksi tersebut. Tanpa regulasi utama dari sel induk, konstruksi ini tidak akan mampu menjalankan fungsinya sebagai bagian dari suatu makhluk hidup. Penelitian Gibson et al. (2010) telah mengungkap rahasia tentang mekanisme kontrol yang efektif dari genome sintetik dalam suatu organisme (Mycoplasma) melalui teknik transplantasi host cell.

Perpaduan/ persandingan ilmu biologi dan ilmu komputer ini juga meningkatkan ekspektasi area penelitian ke ranah yang lebih jauh dari segenap aspek kehidupan manusia. Pada akhirnya tidak hanya berfokus pada pemenuhan kebutuhan dasar manusia saja, namun kepentingan-kepentingan lain yang bisa ditingkatkan kapasitasnya dengan keilmuan baru ini juga berbondong-bondong mengakses ranah ini. Munculnya isu internasional tentang senjata biologis dan teror sumber penyakit dengan mutan-mutan patogen menjadi isu yang mengiringi perkembangan keilmuan ini. Oleh karena itu, regulasi terhadap etika dan batasan sosial aplikasi teknik rekombinan perlu menjadi perhatian dari semua pihak terkait dan pengambil kebijakan. Sehingga keselarasan arah kelimuan ke ranah positif peningkatan kehidupan manusia dapat terpelihara dengan penuh kebijaksanaan.

Sitasi :

Gibson, D.G. 2010. Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome. Sciencexpress (research article).

The Economist. 2010. And Man Made Life (article)

Sabtu, 02 April 2011

Reuni : Asisten Praktikum Ekotoksikologi Perairan 2009/2010 dan 2010/2011

Metagenomik : Sebuah Peluang Mendapatkan Gen Baru

Perkembangan bioteknologi dalam beberapa dekade terakhir ini telah melahirkan banyak inovasi dalam rangka mengoptimalkan pemanfaatan sumberdaya hayati demi kesejahteraan manusia. Akses terhadap sumberdaya hayati menjadi salah satu aspek yang menentukan pada saat kita berbicara mengenai pemanfaatan sumberdaya hayati. Lingkungan dan habitat sumberdaya hayati yang sangat beranekaragam menyajikan banyak tantangan dalam optimalisasi pemanfaatan.
Sejak diketahui bahwa hanya kurang lebih 1% mikroba yang dapat dikultur (culturable) dan sisanya lebih dari 98% adalah komunitas mikroba yang tidak dapat dikultur (unculturable), maka optimalisasi pemanfaatan mikroba membutuhkan teknologi yang bisa mengakses sejumlah besar mikroba yang tidak dapat dikultur.
Kebutuhan akan gen-gen baru (novel genes) dengan karakter yang khusus bagi kepentingan proses-proses industri dan pengembangan organisme transgenik juga menjadi alasan perlunya pendekatan metagenomik dalam menghimpun informasi genetik dan pustaka gen (gene library) dari mikroba-mikroba unculturable yang pada umumnya berasal dari habitat ekstrim seperti hydrothermal vent di dasar laut yang sangat dalam, dari hotspring dengan pH ekstrim, serta lingkungan extremophile lainnya.
Gen-gen baru (novel genes) yang berpeluang didapatkan dari mikroba-mikroba unculturable poliextremophile akan sangat dibutuhkan dalam kaitannya dengan penyediaan biokatalis baru seiring dengan perkembangan proses-proses industri yang membutuhkan karakteristik biokatalis yang tahan suhu tinggi (termostabil), tahan pH ekstrim dan karakter khusus lainnya.


METAGENOMIK

Metagenomik merupakan pendekatan yang dapat diajukan sebagai alternatif solusi untuk mengatasi keterbatasan pemetaan genom yang berbasis kultur. Metagenomik dikembangkan dengan pendekatan pengumpulan informasi genetik dari total DNA mikrobiota yang berasal dari sampel lingkungan, termasuk dari lingkungan ekstrim, tanpa melalui tahap kultur terlebih dahulu. Secara umum, pendekatan metagenomik merupakan perpaduan komprehensif antara : penjelasan data secara statistik yang sering disebut sebagai meta-analysis dan analisis genomik (analisis komprehensif material genetik).
Terminologi lain dari metagenomik diterjemahkan sebagai analisis culture-independent dari kumpulan genom mikroorganisme dari sampel lingkungan yang meliputi lingkungan terestrial/ tanah (Henne et.al, 1999; Rondon et.al, 2000 dalam Sharma, 2008), habitat akuatik (Stein, 1996), organ pencernaan/ usus (Turnbaugh, 2006 dalam Sharma, 2008), oral cavity (Diaz-Torres et.al, 2006 dalam Sharma, 2008), ekskreta (Breitbart et.al, 2003 dalam Sharma, 2008 ) dan sebagainya.

Sabtu, 06 November 2010

New Release : Panduan Praktikum Ekotoksikologi Perairan TA 2010/2011


Berikut disampaikan Panduan Praktikum Ekotoksikologi Perairan TA 2010/2011, yang berisi :
1. Kontrak Praktikum
2. Modul Praktikum
3. Format Laporan Akhir Praktikum

Wajah Baru Praktikum Ekotoksikologi Perairan 2010/2011

Assalammu’alaikumWrWb,


Salam akademia!

Syukur alhamdulillah kita telah sampai di pertengahan semester Ganjil TA 2010/2011, yang berarti saatnya kita berjumpa kembali dengan pelaksanaan practical class dari beberapa mata kuliah yang ada di lingkungan FPIK Unpad.


Seperti tahun-tahun sebelumnya, Ekotoksikologi Perairan juga hadir menyemarakkan parade practical class di lingkungan fakultas kita tercinta.


Hadir dengan formasi dan konsep baru, seperti visinya “Dinamis, Integratif dan Implementatif”, kali ini Praktikum Ekotoksikologi Perairan mengusung tema : “The Understanding of Domestic Waste Water Impacts : from laboratory to field cases” dengan desain tidak hanya laboratory practical class tapi juga dilengkapi dengan field case practical class melalui kunjungan kerja ke beberapa instansi Pengolahan Air Limbah Domestik.


Integrasi praktikum indoor dan outdoor ini diharapkan mampu memberikan pemahaman yang lebih komprehensif bagi praktikan untuk memahami lebih dalam seluk beluk impact dan sekaligus penanganan limbah domestik.


Desain baru practical class ini juga tidak terlepas dari kerja keras kepengurusan baru Tim Asisten Praktikum Ekotoksikologi Perairan TA 2010-2011, yang formasinya saat ini diisi oleh : Asep Mulyana (2006, Koordinator Asisten), Hanafi Indra Regin (2006), Fittrie M. Pratiwy (2007), Joy Talita W (2007), Wiwin Kurniawati (2007), dan Bobby Bagja (2007).


Kehadiran wajah - wajah baru angkatan 2007 : Fittrie, Joy, Wiwin dan Bobby memberikan nuansa baru bagi tim asisten tahun ini, ide-ide yang segar dan brilian dari mereka menambah dinamisnya desain praktikum yang akan kita launch mulai pekan ini, di bawah supervisi dari Ko-Asisten Asep Mulyana dan Hanafi Indra Regin (yang sudah resmi menyandang gelar S.Pi.) yang masih setia berbagi ilmunya di tim ini.


Terima kasih pula kami sampaikan atas dedikasi dan luapan semangat dari Tiana, Arini, Ali dan Akhmad, yang telah dengan penuh loyalitas menunaikan tugasnya sebagai asisten tahun ajaran kemarin (2009/2010).


Tak lupa pula kami sampaikan selamat datang kepada ibu Dra. Titin Herawati, M.Si., yang telah berkenan membagi ilmu dan bimbingannya dengan kesediaannya bergabung secara resmi mulai tahun ini dalam Tim Dosen Ekotoksikologi Perairan.


Akhirnya semoga apa-apa yang kita ikhtiarkan dalam nuansa mengkaji ilmu-Nya ini bisa memberikan manfaat bagi kita semua dan orang-orang serta lingkungan di sekitar kita.


Selamat belajar! Selamat bereksplorasi!


Wassalammu’alaikumWrWb.

Senin, 14 Juni 2010

Perbaikan Nilai Praktikum Mikrobiologi Laut

Berikut ini disampaikan Daftar Perbaikan Nilai Praktikum Mikrobiologi Laut TA 2009/2010.

Tugas perbaikan berupa Paper atau Unduh Jurnal sesuai dengan jenis perbaikan.
Pengumpulan tugas ditunggu s.d. tgl 21 Juni 2010 di Lab. Mikrobiologi dan Bioteknologi Kelautan (gd 4 Lt 3 FPIK Unpad), pengumpulan melebihi batas tanggal tsb tidak akan diproses dan nilai akan dikeluarkan apa adanya.

Bagi peserta praktikum dengan ketidakhadiran lebih dari 4 (empat) kali, dianggap gagal/ tidak lulus praktikum Mikrobiologi Laut semester sekarang.

Demikian harap menjadi perhatian.

Rabu, 12 Mei 2010

Ujian Akhir Praktikum (UAP) Mikrobiologi Laut DIUNDUR

Pelaksanaan Ujian Akhir Praktikum (UAP) Mikrobiologi Laut diundur menjadi : Selasa, 25 Mei 2010

Tempat : Lab. Bioteknologi Kelautan gd 4 Lt. 3
- Shift I --- pkl. 10.00 s.d. selesai
- Shift II -- pkl. 13.00 s.d. selesai
Materi : Mata Acara Praktikum I (Pengenalan Alat) s.d. VI

NB : Sebagai syarat UAP adalah Laporan Resmi Praktikum

Terima kasih atas perhatiannya.